香港西九龙站坐高铁回内地很方便，西九龙站过关实行一地两检，就是说，在西九龙站口岸有不仅有香港关口，还设有内地关口，要坐高铁回内地，或者从内地坐高铁来香港，都是在香港西九龙站过关检查。
西九龙站的过关流程很简单，类似深圳湾口岸过关一样。如果从香港西九龙站坐高铁，首先用高铁票进站，检查行李，安检完成后，就到达香港口岸检查区，由香港海关负责检查过关证件。完成后下一步就到达内地口岸，由内地海关检查，通过后就完成了香港内地口岸的所有检查。之后就到达高铁候车区，等到检票时间，直接排队上车就可以了一，就算是内地区了。高铁到达内地的目的站点后，下车就可以了，跟内地坐车一样。
如果从内地坐高铁来香港，过关的检查的顺序跟从香港到内地刚好相反，口岸依然是在香港西九龙站，到了香港才进行过关检查。