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香港國安法就維護香港特區國家安全作出明確清晰的規定，亦就中央在特殊情況下行使管轄權作出說明。香港國安法亦在本法涉及的「一國兩制」框架，即特區與中央的法律關係方面在附則作出了清晰的明確的規定。

香港國安法附則如下。

第六章　附則

第六十二條　香港特別行政區本地法律規定與本法不一致的，適用本法規定。

第六十三條　辦理本法規定的危害國家安全犯罪案件的有關執法、司法機關及其人員或者辦理其他危害國家安全犯罪案件的香港特別行政區執法、司法機關及其人員，應當對辦案過程中知悉的國家秘密、商業秘密和個人隱私予以保密。

擔任辯護人或者訴訟代理人的律師應當保守在執業活動中知悉的國家秘密、商業秘密和個人隱私。

配合辦案的有關機構、組織和個人應當對案件有關情況予以保密。

第六十四條　香港特別行政區適用本法時，本法規定的「有期徒刑」、「無期徒刑」、「沒收財產」和「罰金」分別指「監禁」、「終身監禁」、「充公犯罪所得」和「罰款」，「拘役」參照適用香港特別行政區相關法律規定的「監禁」、「入勞役中心」、「入教導所」，「管制」參照適用香港特別行政區相關法律規定的「社會服務令」、「入感化院」、「吊銷執照或者營業許可證」指香港特別行政區相關法律規定的「取消註冊或者註冊豁免，或者取消牌照」。

第六十五條　本法的解釋權屬於全國人民代表大會常務委員會。

第六十六條　本法自公布之日起施行。

香港國安法在附則中有關中央與特區之法律關係主要有以下幾點。

其一，基於香港國安法之凌駕性憲制性地位，香港特別行政區本地法律規定倘若與香港國安法不一致的，以香港國安法為準。

其二，國安法執法司法人員在辦案過程中所涉及的國家秘密必須嚴格保密，即所有涉案人員有法定責任保守國家秘密。

其三，香港國安法所涉及的刑事處罰參照香港本地法律的刑事處罰形式，依照香港本地的刑事處罰規定執法與裁決。

其四，香港國安法的解釋權屬於全國人民代表大會常務委員會。即，有關香港國安法在執法司法過程中出現的任何法律爭議，其最終解釋權屬於全國人大常委會。（香港國安法百問百答之十五）