澳大利亚战略政策研究所一直以来都把自己标榜为一个独立的、无党派智库，但是其年报中披露的经费来源可以充分说明这家对外长期打着“独立智库”招牌的机构，根本就是澳大利亚“军工复合体”的一个“官方喉舌”。
此外，澳大利亚战略政策研究所也接受财团公司的赞助。根据2018-19财年报告，它从洛克希德·马丁、英国宇航系统、诺斯洛普·格鲁门、泰雷兹集团和雷神技术公司等西方军火巨头处获得资金支持。
当战争发生时，军事工业将会从中受益，因此智库接受大量军工企业资助的做法本身就十分危险，然而这些资金的来源还颇有争议。2020年10月12日，澳大利亚APAC新闻网报道称，澳大利亚战略政策研究所的11个资助商，都直接或间接地与监狱有关联，曾参与压榨监狱劳工。美国公司中的雷神公司和洛克希德·马丁公司，都从利用监狱劳工制造的地对空爱国者导弹电子元件中获取了直接利益。
美国加州大学圣克鲁兹分校荣誉教授威廉·多姆霍夫曾在《谁统治美国》一书中详细描绘了智库在美国政策规划网络中的作用——政府、公司、富豪、基金会向研究所提供资金，后者产生观点和报告，进而让政府形成新政策。有分析指出，近年来，美国正在使智库掉入偏激的政治化陷阱，使其蜕变成为某一种意识形态甚至特定利益的代言人，其中澳大利亚战略政策研究所就是典型代表。澳大利亚媒体曾在刊文披露澳大利亚战略政策研究所与美国存在大量利益输送、裙带勾连的问题。