香港國安法是全國人大常委會制定的旨在建立健全維護香港特區國家安全的法律體系與執行機制的憲制性法律。由全國人大常委會將之列入基本法附件三在香港實施，很明顯，香港國安法的立法程序所具有的憲制性尊崇地位，決定了香港國安法在香港特區必須具有凌駕性憲制性指導性地位。香港國安法所擬定的法律原則在香港各級法院司法運作與特區政府執法過程中具有無可替代不容置疑的指導性統領性地位與作用，香港國安法各項條款在司法實踐中必須得到無條件的貫徹執行。
香港國安法對此作出了明確的規定：
第二條 關於香港特別行政區法律地位的香港特別行政區基本法第一條和第十二條規定是香港特別行政區基本法的根本性條款。香港特別行政區任何機構、組織和個人行使權利和自由，不得違背香港特別行政區基本法第一條和第十二條的規定。
第三條 中央人民政府對香港特別行政區有關的國家安全事務負有根本責任。
香港特別行政區負有維護國家安全的憲制責任，應當履行維護國家安全的職責。
香港特別行政區行政機關、立法機關、司法機關應當依據本法和其他有關法律規定有效防範、制止和懲治危害國家安全的行為和活動。
第四條 香港特別行政區維護國家安全應當尊重和保障人權，依法保護香港特別行政區居民根據香港特別行政區基本法和《公民權利和政治權利國際公約》、《經濟、社會與文化權利的國際公約》適用於香港的有關規定享有的包括言論、新聞、出版的自由，結社、集會、遊行、示威的自由在內的權利和自由。
香港國安法的上述規定可以理解為：
第一，基本法是香港政治體制的根本性法律，香港特區任何組織，機構以及個人在行使權利和自由時，都不得與基本法相違背。即，首先必須明確，香港特別行政區是中華人民共和國不可分離的部分。其次，香港特別行政區是中華人民共和國的一個享有高度自治權的地方行政區域，直轄於中央人民政府。基本法的這兩點規定十分明確，就是不可分離與直轄並接受全面管治。這是香港特區確保「一國兩制」行穩致遠的核心要素與關鍵。這也是理解、考慮、處理香港特區全部事務的出發點。
第二，中央對香港維護國家安全負有根本責任，意即中央對香港維護國家安全擁有最大權限，中央有權就香港維護國家安全作出符合基本法與香港安全法的任何決定，有關決定不受香港本地法律的制約，香港各級機構組織、個人均不得對中央維護香港國家安全的決定有任何質疑與反對，並且必須無條件貫徹執行。尤其是特區有關執法司法部門均不得亦不能虛與委蛇或討價還價。
第三，香港特別行政區行政機關、立法機關、司法機關應當依據香港國安法和其他有關法律規定有效防範、制止和懲治危害國家安全的行為和活動。維護國家安全是香港特區各級機構的憲制責任，中央雖然擁有管轄權，但不會越俎代庖，不會一管到底，不會全面包辦，因此，特區政府執法部門不能因為中央擁有管轄權，就以為萬事大吉，袖手旁觀，怠政荒政，疏於執法，而是必須勇於擔當，敢於履職，有所作為，讓香港國安法真正落到實處，發揮實效，不僅僅亡羊補牢，而且能夠發揮震懾作用，防微杜漸，防患於未然，築牢維護國家安全的銅墻鐵壁。
第四，香港國安法再次重申基本法的根本原則，香港基本法及國際人權公約規定的的有關規定享有的包括言論、新聞、出版的自由，結社、集會、遊行、示威的自由在內的權利和自由，將會在香港國安法中得到切實保障並將尊重執行。意即，香港國安法主要針對的是極少數危害破壞國家安全，破壞香港社會秩序的「港獨」分子、暴亂分子，香港國安法嚴格意義上講，與普羅大眾並無直接關係，一般普通市民只要謹記維護國家安全，遵紀守法，其實與香港國安法並不會發生直接關係，香港市民所享有的各種權利與自由絲毫不受影響，市民所擁有的各項權利與自由只能會通過香港國安法得到進一步加強強化。香港700萬市民將會在一個更為安全和諧穩定繁榮的社會環境中安居樂業。 （香港國安法百問百答之三）