香港國安法建立健全了香港特區維護國家安全的法律制度與執行機制，其中有一條極為重要的法規：中央對部分特殊的國安案件擁有直接的管轄權。
香港國安法就中央管轄權作出如下規定。
第五十五條 有以下情形之一的，經香港特別行政區政府或者駐香港特別行政區維護國家安全公署提出，並報中央人民政府批准，由駐香港特別行政區維護國家安全公署對本法規定的危害國家安全犯罪案件行使管轄權：
（一）案件涉及外國或者境外勢力介入的複雜情況，香港特別行政區管轄確有困難的；
（二）出現香港特別行政區政府無法有效執行本法的嚴重情況的；
（三）出現國家安全面臨重大現實威脅的情況的。
第五十六條 根據本法第五十五條規定管轄有關危害國家安全犯罪案件時，由駐香港特別行政區維護國家安全公署負責立案偵查，最高人民檢察院指定有關檢察機關行使檢察權，最高人民法院指定有關法院行使審判權。
第五十七條 根據本法第五十五條規定管轄案件的立案偵查、審查起訴、審判和刑罰的執行等訴訟程序事宜，適用《中華人民共和國刑事訴訟法》等相關法律的規定。
根據本法第五十五條規定管轄案件時，本法第五十六條規定的執法、司法機關依法行使相關權力，其為決定採取強制措施、偵查措施和司法裁判而簽發的法律文書在香港特別行政區具有法律效力。對於駐香港特別行政區維護國家安全公署依法採取的措施，有關機構、組織和個人必須遵從。
依照香港國安法的上述規定，中央擁有對香港部分國安案件的管轄權主要通過以下幾方面得到體現與保障。
其一，由駐港國安公署立案偵查，並由最高人民檢察院指定檢察機關行使檢察權，最高人民法院指定法院行使審判權；
其二，有關案件之執法司法適用內地刑事訴訟法；
其三，內地檢察機關司法機關發出的有關案件之法律文書在香港具有同等法律效力；
其四，對於駐港國安公署依法採取的措施，香港有關部門機構及個人必須無條件遵守。（香港國安法百問百答之十三）